El accionar del Departamento Científico es fundamentalmente para facilitar el perfeccionamiento y actualización del Odontólogo General Colegiado. Para cumplir este objetivo coordina distintas actividades científicas de la Odontología y realiza Cursos de Perfeccionamiento con las Sociedades para los profesionales Colegiados. Difunde trabajos científicos en la Revista Odontología Chilena que entrega a la profesión la posibilidad de publicar y recibir trabajos de alto nivel. Esta revista es distribuida gratuitamente.

Para ampliar el accionar del departamento, se ha incorporado como integrante la Fesodech, lo que permitirá una mejor comunicación con las distintas Sociedades de Especialidades Odontológicas.

Se ha logrado un acuerdo con F.D.I., Colegio de Cirujano Dentistas y Unilever Chile, de acuerdo a un Convenio marco internacional F.D.I.- Unilever para realizar un programa de educación, prevención y fomento de la salud en la población infantil y adulto mayor que tendrá una duración de tres años.